MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Alicycliphilus denitrificans K601 plasmid pALIDE201

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015423	CG	3	6	5764	5769	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015423	CG	4	8	5788	5795	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015423	GGC	2	6	5802	5807	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015423	TG	3	6	5847	5852	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015423	GC	3	6	6181	6186	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015423	CT	3	6	7053	7058	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_015423	GCAG	2	8	9006	9013	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015423	CGG	2	6	9050	9055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015423	CGG	2	6	9280	9285	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015423	T	6	6	9367	9372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015423	CCAA	2	8	10386	10393	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015423	AGG	2	6	10755	10760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015423	AACC	2	8	11737	11744	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015423	GGC	2	6	15231	15236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015423	G	6	6	26302	26307	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015423	GCC	2	6	29394	29399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_015423	ATG	2	6	29424	29429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015423	AAC	2	6	29430	29435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015423	CTG	2	6	29465	29470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015423	GC	3	6	29480	29485	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015423	ACC	2	6	29528	29533	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_015423	CCG	3	9	29566	29574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015423	ACC	2	6	29604	29609	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_015423	CGGC	2	8	29630	29637	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015423	GA	3	6	29666	29671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015423	T	7	7	29678	29684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015423	AGC	2	6	30099	30104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015423	GCG	2	6	30105	30110	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015423	GAA	2	6	30145	30150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015423	GGCA	2	8	30170	30177	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015423	CG	3	6	30183	30188	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015423	GCT	2	6	30234	30239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015423	GAA	2	6	30241	30246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015423	CAA	2	6	30249	30254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015423	A	6	6	30284	30289	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015423	GC	3	6	30367	30372	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015423	GAC	2	6	30422	30427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015423	CAA	2	6	32374	32379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015423	CCA	2	6	32390	32395	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_015423	T	7	7	32819	32825	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015423	CAAA	2	8	32851	32858	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015423	CG	4	8	34465	34472	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015423	GAA	2	6	34486	34491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015423	AGG	2	6	35231	35236	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015423	CGC	2	6	38715	38720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_015423	AC	3	6	38815	38820	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015423	AAC	2	6	41002	41007	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015423	AGG	2	6	41009	41014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015423	TGC	2	6	43383	43388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015423	GCC	2	6	43396	43401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_015423	GCG	2	6	43403	43408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015423	GC	3	6	43460	43465	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015423	CG	4	8	43504	43511	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015423	GTG	2	6	43537	43542	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015423	CG	3	6	43571	43576	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015423	CAC	2	6	43588	43593	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_015423	TCG	2	6	43610	43615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015423	CCGG	2	8	43628	43635	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015423	CGA	2	6	43772	43777	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015423	TGG	2	6	43784	43789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015423	CCCCG	2	10	43912	43921	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
62	NC_015423	GAA	2	6	43950	43955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015423	T	6	6	43987	43992	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015423	AAC	2	6	45769	45774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015423	CAT	2	6	45839	45844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015423	ACGA	2	8	46307	46314	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015423	GGC	2	6	48417	48422	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015423	GCC	2	6	48428	48433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_015423	CG	4	8	48448	48455	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015423	ATA	2	6	48928	48933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015423	CAT	2	6	49624	49629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015423	GCA	2	6	49656	49661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015423	CGC	2	6	50663	50668	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_015423	ACC	2	6	50683	50688	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_015423	CTT	2	6	50763	50768	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015423	T	6	6	50898	50903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015423	CG	5	10	51137	51146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015423	CTT	2	6	51156	51161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015423	CGC	2	6	51176	51181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_015423	G	7	7	51186	51192	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015423	C	7	7	51195	51201	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
82	NC_015423	CGGC	2	8	51216	51223	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015423	TCC	2	6	51231	51236	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_015423	C	6	6	51240	51245	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
85	NC_015423	GC	3	6	51287	51292	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_015423	CGGG	2	8	51327	51334	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015423	CGCC	2	8	51450	51457	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
88	NC_015423	GCCG	2	8	51473	51480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015423	GC	3	6	51490	51495	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015423	GC	3	6	51497	51502	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015423	AGGG	2	8	51548	51555	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015423	AGG	2	6	51609	51614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015423	T	7	7	51701	51707	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015423	GCCA	2	8	51733	51740	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015423	CGG	2	6	51749	51754	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015423	TGCC	2	8	51775	51782	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015423	GCC	2	6	51978	51983	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_015423	CCA	3	9	52005	52013	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_015423	CGG	2	6	52046	52051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015423	TGT	3	9	52084	52092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015423	ACA	2	6	52105	52110	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015423	ACA	3	9	52112	52120	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015423	AAC	2	6	52121	52126	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015423	CG	4	8	53690	53697	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015423	TGA	2	6	53803	53808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015423	CAGAC	2	10	53838	53847	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015423	CAT	2	6	55691	55696	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015423	T	6	6	55706	55711	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015423	TTC	2	6	55757	55762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_015423	AGC	2	6	55777	55782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015423	CCT	2	6	55806	55811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_015423	ATC	2	6	61865	61870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015423	TACA	2	8	61899	61906	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015423	GGA	2	6	61925	61930	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015423	TGC	2	6	63344	63349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015423	GCC	2	6	63357	63362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_015423	GCG	2	6	63364	63369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015423	GC	3	6	63421	63426	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015423	CG	4	8	63465	63472	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015423	GTG	2	6	63498	63503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015423	CG	3	6	63532	63537	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_015423	CAC	2	6	63549	63554	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_015423	TCG	2	6	63571	63576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_015423	CCGG	2	8	63589	63596	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_015423	CGA	2	6	63732	63737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015423	TGG	2	6	63744	63749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015423	CCCCG	2	10	63872	63881	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
128	NC_015423	GAA	2	6	63910	63915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015423	T	6	6	63947	63952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015423	GCA	2	6	64034	64039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015423	ACC	2	6	64043	64048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_015423	A	6	6	64060	64065	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015423	CAT	2	6	64756	64761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015423	GCC	2	6	65616	65621	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_015423	CG	3	6	65635	65640	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_015423	CCTC	2	8	65647	65654	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_015423	CCA	2	6	65655	65660	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_015423	GAC	2	6	65671	65676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015423	GCCG	2	8	65997	66004	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_015423	CG	3	6	66051	66056	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015423	CCGC	2	8	66333	66340	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
142	NC_015423	GCGG	2	8	66345	66352	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_015423	CGC	2	6	66373	66378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_015423	CTG	2	6	66387	66392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015423	GC	3	6	66441	66446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
146	NC_015423	AGGGC	2	10	66591	66600	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015423	CGT	2	6	66631	66636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015423	TGC	2	6	66669	66674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_015423	GCC	2	6	66682	66687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_015423	GCG	2	6	66689	66694	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_015423	GC	3	6	66746	66751	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
152	NC_015423	CG	4	8	66790	66797	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
153	NC_015423	GTG	2	6	66823	66828	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015423	CG	3	6	66857	66862	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_015423	CAC	2	6	66874	66879	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_015423	TCG	2	6	66896	66901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_015423	CCGG	2	8	66914	66921	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_015423	CGA	2	6	67057	67062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_015423	TGG	2	6	67069	67074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015423	CCCCG	2	10	67197	67206	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
161	NC_015423	GAA	2	6	67235	67240	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015423	T	6	6	67272	67277	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015423	TGA	2	6	67336	67341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015423	ACGC	2	8	69413	69420	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
165	NC_015423	GGC	2	6	69932	69937	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_015423	CG	3	6	70392	70397	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
167	NC_015423	GCC	2	6	70398	70403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_015423	GGC	2	6	70408	70413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_015423	AGGGC	2	10	70684	70693	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
170	NC_015423	CTG	2	6	70700	70705	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_015423	GC	3	6	70723	70728	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
172	NC_015423	GC	3	6	70730	70735	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
173	NC_015423	TCCT	2	8	70751	70758	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
174	NC_015423	GCT	3	9	70765	70773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_015423	TCT	2	6	70785	70790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_015423	CT	4	8	70805	70812	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
177	NC_015423	GCT	2	6	70877	70882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_015423	CTG	2	6	70923	70928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_015423	CG	4	8	70996	71003	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
180	NC_015423	GTG	2	6	71032	71037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015423	GTTC	2	8	71078	71085	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_015423	GC	3	6	71101	71106	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
183	NC_015423	GGCG	2	8	71110	71117	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
184	NC_015423	CGCTG	2	10	71148	71157	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
185	NC_015423	CCGCT	2	10	73464	73473	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
186	NC_015423	TGG	2	6	73544	73549	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
187	NC_015423	ACC	2	6	73564	73569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
188	NC_015423	CGC	2	6	73610	73615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
189	NC_015423	GCT	2	6	73709	73714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_015423	GCC	2	6	73762	73767	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
191	NC_015423	CGG	2	6	73771	73776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_015423	TCCGC	2	10	73790	73799	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
193	NC_015423	CTG	2	6	73901	73906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_015423	CTTC	2	8	73966	73973	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
195	NC_015423	TCGCCT	2	12	73979	73990	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
196	NC_015423	GT	3	6	74024	74029	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
197	NC_015423	GCA	2	6	74052	74057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_015423	CCTG	2	8	75228	75235	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
199	NC_015423	TGC	2	6	75249	75254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
200	NC_015423	TTC	2	6	75291	75296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
201	NC_015423	GA	3	6	75312	75317	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
202	NC_015423	TTC	2	6	75327	75332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
203	NC_015423	GAA	2	6	75361	75366	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
204	NC_015423	CA	3	6	75371	75376	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
205	NC_015423	GC	3	6	75416	75421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.